Kirken ble restaurert i 1781, 1871 og i 1929 (arkitekten da var Harald Bødtker.

Det er funnet helleristninger inne på tomta til Gjerpen barneskole. Kirken hører til de eldste i landet. Med sin naturlige og sentrale beliggenhet på en høyde midt i bygda har den fått og bevart en solid posisjon i hele Grenland og Telemark opp gjennom århundrene, både i katolsk tid og etter reformasjonen.

I middelalderen var kirkegodset rikt og presten mektig i samfunnet. Ja, i sin tid kunne størrelsen langt på vei måle seg med Gimsøy klostergods. Også i dag markerer kirken og området et kulturelt tyngdepunkt i distriktet. Helleristningene, det gamle hovet Hestehaugen med minnesmerket over de falne i siste verdenskrig, kapell, gravplasser og den gamle prestegården markerer dette. Institusjoner som Gjerpen barneskole og Gjerpen ungdomsskole,  idrettsanlegget til Gjerpen idrettsforening, menighetshuset samt Gjerpen pleieheim ligger også her på grunnen til Gjerpen prestegård eller Store Gjerpen.

”GJERPEN kirke er en av våre romanske middelalderkirker. Den var innviet til apostlene Petrus og Paulus og var en enskipet romansk steinkirke. I 1781 utvidet kammerherre Herman Løvenskiold kirken mot vest med ny inngang og tårn, hva ennu kan sees av en inskripsjon i våpenhuset over den egentlige inngang til kirken.

I 1871-73 ble det satt i gang et betydelig ombygningsarbeid, etter tegning av arkitekt Chr. Christie. Det ble oppført to sideskip (kirken fikk således korskirkeform), og et høyt spisst tårn av­løste det kuppelformede tårnet fra 1780-årene.

I 1919 tilbød kammerherre Leopold Løven­skiold seg å bekoste Gjerpen kirke restaurert og utsmykket etter en plan utarbeidet av arkitekt Harald Bødtker fra Oslo og maleren Emanuel Vigeland. Tilbudet ble mottatt og godtatt av kirke og undervisningsdepartementet i skrivelse av 26. juni samme år. Kirken ble tatt i bruk etter restaurasjonsarbeidet 3. søndag i advent 1920.” – skrev prost Halvdan Wexelsen Freihow i 1953 i jubileumsskriftet ”Gjerpen kirke 800 år".